Γιός ιερέα, γεννήθηκε στη Μάδυτο της Ανατολικής Θράκης την 1η Ιουλίου 1866. Πολυμαθής και ευρυμαθής, χρημάτισε καθηγητής και Διευθυντής της Θεολογικής Σχολής του Σταυρού, Διευθυντής της Ριζαρείου Σχολής, καθηγητής της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών και μέλος της Ακαδημίας Αθηνών από την ίδρυσή της.
Προικισμένος με έξοχα χαρίσματα, επιβλητικός στην εμφάνιση, ευφυής, άριστος χειριστής του λόγου, ανήλθε στον Αρχιεπισκοπικό θρόνο σε δύσκολους για την Εκκλησία και το Έθνος στιγμές. Μετά την χειροτονία του την 10η Μαρτίου 1923, αφοσιώθηκε «εις την ανόρθωσιν των χαμαί κειμένων, την διαλλαγήν των διεστώτων, την ανασύνταξιν των συγκεχυμένων και τον συντονισμόν των εκκλησιαστικών δυνάμεων προς σκοπούς δημιουργικούς επ’ αγαθώ του Ελληνικού Λαού».
Κατά τη διάρκεια της Αρχιερατείας του αποφασίσθηκε η «διόρθωσις» του Ιουλιανού Ημερολογίου και εκδόθηκαν οι Νόμοι «Περί Οργανισμού Διοικήσεως Εκκλησιαστικής Περιουσίας», «Περί Ταμείου Ασφαλίσεως Κλήρου Ελλάδος», «Περί Αποστολικής Διακονίας», «Περί Εκκλησιαστικών Δικαστηρίων» κτλ. και κυρίως ο «Καταστατικός Νόμος της Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Ελλάδος» (1923), με τον οποίον απαλλασσόταν για πρώτη φορά η Εκκλησία από τους επιβεβλημένους από τον Μάουερ πολιτειακούς θεσμούς.
Τέλος την 4η Σεπτεμβρίου 1928 εκδόθηκε η Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη «περί διοικήσεως των Ιερών Μητροπόλεων των Νέων Χωρών», με την οποία «απάσαι αι εις το Ελληνικόν Κράτος περιελθούσαι Επαρχίαι του Οικουμενικού Θρόνου... υπάγονται εφεξής υπό την άμεσον διακυβέρνησιν της Αγιωτάτης Ορθοδόξου Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Ελλάδος, επεκτεινούσης και επί των Επαρχιών τούτων εν πάσι το σύστημα της διοικήσεως και την τάξιν των ιδίων αυτής Επαρχιών».
Ο Χρυσόστομος είναι ο πρώτος που έλαβε τον τίτλο του «Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος». Επιπλέον, αμέριστο υπήρξε το ενδιαφέρον του για την πνευματική οικοδομή του ποιμνίου του και για τη λειτουργική ζωή της Εκκλησίας. Ίδρυσε τα μέχρι σήμερα εκδιδόμενα περιοδικά «Εκκλησία» και «Θεολογία», ενώ ο ίδιος ως διδάσκαλος, επιστήμων και συγγραφέας υπήρξε απαράμιλλος. Άνδρας άκακος και πράος, αποτελεί μορφή που σπάνια εμφανίζεται στην ιστορία της Εκκλησίας. Απεβίωσε την 22α Οκτωβρίου 1938 σε ηλικία 70 ετών.